अभिलेखागार विभाग हे देशातील सर्वात जुने अभिलेखागार आहे. 25 फेब्रुवारी 1595 रोजी प्रसिद्ध इतिहासकार डिओगो डो कौटो यांनी स्थापन केले, जे त्याचे पहिले रेकॉर्ड कीपर देखील होते, या आर्काइव्हचे नाव "टोरे डो टॉम्बो डो एस्टाडो दा इंडिया" असे होते. सर्वात जुना पोर्तुगीज रेकॉर्ड 1498 सालचा आहे. सध्या, गोवा अभिलेखागाराला श्रीमती ब्लॉसम मेडीरा यांच्या अध्यक्षतेखालील अभिलेखागार विभाग म्हणून नियुक्त केले आहे.

त्यात आशिया आणि आफ्रिकेतील युरोपीयन विस्ताराच्या इतिहासाशी संबंधित स्रोत सामग्री आहे, विशेषत: भारतातील पोर्तुगीज सागरी साम्राज्याचा उदय, पतन आणि क्षय (१५१०-१९६१) आणि आशियाई आणि आफ्रिकन शक्तींनी युरोपियन लोकांना हुसकावून लावण्यासाठी केलेले प्रयत्न. आशिया आणि आफ्रिका. याशिवाय, गावातील समुदायांशी संबंधित नोंदी, गोव्याच्या स्वातंत्र्य लढ्याशी संबंधित फाईल्सचा चांगला संग्रह, बाप्तिस्मा, जन्म आणि मृत्यू, कृत्ये आणि मृत्यूपत्र तसेच गोव्यातील चर्चमधील काही अतिशय उपयुक्त नोंदी आहेत. बहुतेक नोंदी पोर्तुगीज आणि मराठी (मोदी) मध्ये आहेत जरी काही दस्तऐवज संस्कृत, पर्शियन, इंग्रजी, फ्रेंच आणि व्हिएतनामी भाषेत आहेत. भाषा मराठी असली तरी गोयकनदी लिपीमध्ये काही कॅनरीज नोंदी आहेत. जवळपास 300 वर्षांपूर्वी लिहिलेली स्वाहिली अक्षरे देखील आहेत ज्यात आतापर्यंत सापडलेल्या स्वाहिली गद्याचा सर्वात जुना भाग आहे.